Afni

AFNI の概要

AFNI (Analysis of Functional NeuroImages) は、主に複数の MRI モダリティ (解剖学的、機能的 MRI (fMRI)、拡散強調 (DW) データ[2][3][5]) の分析と表示のために開発された、C、Python、および R プログラムとシェルスクリプトの主要なソフトウェアスイートです。

AFNI は、GNU General Public License のもとで、研究目的で無料で利用できます。このソフトウェアの主要部分は、ウィスコンシン医科大学で作成され、そのコードの著作権はウィスコンシン医科大学が所有しています[2][4]。

歴史と開発

設立年と背景ストーリー

AFNI は、1994 年にウィスコンシン医科大学で開発されました[4]。

このソフトウェアは、主に Robert W. Cox によって開発されました。Cox は 2001 年に開発を NIH に移し、現在も NIMH 科学統計計算コアで開発が続けられています[4]。

会社の歴史と成長における重要なマイルストーン

• 1994 年: ウィスコンシン医科大学での初期開発。
• 2001 年: NIH への開発移行。
• 継続的な開発: NIMH 科学統計計算コアによる積極的な開発により、機能が継続的に拡張されています[4]。

規制遵守とライセンス

ライセンスの種類: AFNI は、GNU General Public License のもとで無料で配布されています。含まれている SVM-light コンポーネントは、非営利で非配布可能です[2][4]。

ソフトウェアの機能と能力

主なソフトウェア機能

• データ分析: AFNI は、モーション補正、平滑化、回帰分析など、fMRI データを処理および分析するためのツールを提供しています[4]。
• 視覚化ツール: SUMA (サーフェスモデルと、サーフェスモデルへのボリュメトリックデータのマッピング) が含まれており、4 つのモード (スライス、グラフ (時系列)、ボリューム、サーフェス) で機能的イメージングデータをリアルタイムでレンダリングできます。それらの間には直接リンクがあります[2][3]。
• 前処理ステップ: "afni_proc.py" スクリプトは、単一被験者の fMRI データを、モーション補正や平滑化などの前処理ステップのシーケンスで実行します[4]。

その他のツールとサービス

• SUMA ツール: ユーザーは、2D データを 3D 皮質サーフェスマップに投影できます。これにより、研究者は、回旋などの物理的な皮質の特徴を考慮しながら、活性化パターンを確認できます[4]。
• NIfTI イニシアチブ: AFNI は、神経画像情報技術イニシアチブ (NIfTI) の一部です。NIfTI は、神経画像に関連する情報技術ツールの開発を加速させ、そのユーティリティを向上させるために、調整された標的化されたサービス、トレーニング、および研究を提供することを目的としています[2]。

入手可能性とインストール

入手可能性とインストールの詳細: AFNI は、X11 と Motif ディスプレイを搭載した、事実上すべての Unix システム (IRIX、Solaris、Linux、FreeBSD、OS X など) で実行されます。Fedora、CentOS/Red Hat、Ubuntu などの MacOS および Linux システムを含む一部のプラットフォームでは、事前にコンパイルされたバイナリを入手できます[2][3][5]。

ユーザーは、環境モジュールを使用して AFNI をロードできます。たとえば、OSC クラスタでは、ユーザーは `module load afni` を使用してデフォルトバージョンをロードしたり、`module load afni/version` を使用して特定のバージョンを選択したりできます[3]。

保険料と価格 (ソフトウェアには適用されません)

AFNI はソフトウェアスイートであり、保険会社ではないため、保険料と価格に関する情報は存在しません。

カスタマーサービスとサポート (ソフトウェアには適用されません)

AFNI はソフトウェアスイートであり、保険会社ではないため、カスタマーサービスとサポートに関する情報は存在しません。

AFNI のメリットとデメリット

AFNI を使用するメリット

• 包括的なツール: fMRI データを処理、分析、表示するための幅広いツールを提供します。
• 無料で利用可能: GNU General Public License のもとで、研究目的で無料で利用できます。
• 積極的な開発: NIMH 科学統計計算コアによる積極的な開発により、機能が継続的に拡張されています[2][4]。

潜在的な欠点または改善点

• 複雑さ: 神経画像データ分析と、C、Python、R のプログラミングスキルに関する深い理解が必要です。
• リソースを消費する: 大規模なデータセットでは、強力なコンピューティングシステムが必要となるため、リソースを消費する可能性があります[4]。

結論

レビューで取り上げられた主なポイントの概要

• 概要: AFNI は、複数の MRI モダリティを分析および表示するための主要なソフトウェアスイートです。
• 機能: モーション補正、平滑化、視覚化などのツールが含まれています。
• 入手可能性: X11 と Motif ディスプレイを搭載した Unix システムで実行され、一部のプラットフォームでは事前にコンパイルされたバイナリを入手できます[2][3][4]。

会社のソフトウェア製品から最も恩恵を受けるのは誰か

• 研究者: 包括的なツールと無料の性質により、fMRI 研究に従事している人は AFNI を使用するとメリットがあります[2][4]。

AFNI に関するよくある質問

会社のポリシー、クレームプロセス、その他に関するよくある質問への回答

Q: AFNI とは何ですか?

A: AFNI は、fMRI データを分析および表示するためのソフトウェアスイートです[2][4]。

Q: AFNI はどのようにインストールしますか?

A: ユーザーは、環境モジュールを使用して AFNI をロードできます。たとえば、OSC クラスタでは、ユーザーは `module load afni` を使用してデフォルトバージョンをロードしたり、`module load afni/version` を使用して特定のバージョンを選択したりできます[3]。

Q: AFNI はどのようなプラットフォームをサポートしていますか?

A: AFNI は、X11 と Motif ディスプレイを搭載した、事実上すべての Unix システム (IRIX、Solaris、Linux、FreeBSD、OS X など) で実行されます[2][3][5]。

参考文献

1. https://help.rc.ufl.edu/doc/AFNI
2. https://afni.nimh.nih.gov
3. https://www.osc.edu/resources/available_software/software_list/afni
4. https://en.wikipedia.org/wiki/Analysis_of_Functional_NeuroImages
5. https://cbmm.mit.edu/afni